引物设计软件-引物设计软件哪个好

本篇文章给大家谈谈引物设计软件，以及引物设计软件哪个好对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站喔。

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本文目录一览：

1、怎样设计引物?
2、primer5.0设计引物-如何用PRIMER5.0设计引物
3、【CircPrimer】circRNA引物设计
4、primer6.0设计引物-如何应用primerprimer6.0设计引物
5、mega可以用于引物设计吗
6、primer3.0在线设计引物-如何在Windows7系统中使用PrimerExpress3.0_百...

怎样设计引物?

1、设计引物的方法如下：引物长度一般在15-30bp。引物长度一般为15-30bp，常用的为18-27bp，但不应大于38bp，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。引物GC含量一般为40%-60%。

2、引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。

3、避免二聚体和自身互补：设计引物时需要避免两个引物之间形成二聚体或自身互补，这会影响PCR效率和特异性。进行特异性检测：使用软件工具进行特异性检测，以确保所选引物只扩增目标DNA序列而不扩增其他非特异性DNA。

4、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。

5、避免二聚体和自身互补：设计引物时需要避免两个引物之间形成二聚体或自身互补，这会影响PCR效率和特异性。进行特异性检测：使用软件工具进行特异性检测，以确保所选引物只扩增目标DNA序列而不扩增其他非特异性DNA。

6、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。

primer5.0设计引物-如何用PRIMER5.0设计引物

1、②点击Primer进入引物设计界面。③点击引物设计界面上的search按钮进行搜索选项设定。④点击搜索选项界面上的OK按钮可得到引物设计结果。⑤选择分值高的引物对作为实验合成引物选项。⑥根据需要对引物进行编辑。

2、方法是：打开Primer5软件，进入Design界面。在Design界面中输入所需的序列信息，包括起始位点和终止位点等。点击Options按钮，在弹出的对话框中选择PrimerTm选项卡。在PrimerTm选项卡中，看到目前设定的引物Tm值。

3、首先设计引物以前的清楚设计引物基本原则例如测序使用引物：测序用引物要求非常严格，不同于PCR用引物。

【CircPrimer】circRNA引物设计

circRNA引物设计对于初学者来说不太友好，下面就来介绍一款有意思的软件。

circRNA定量验证 circRNA定量验证手段与常规PCR手段不同，常规手段是围绕目的片段的上下游分别设计PCR引物，称之为convergent primer，需扩增的片段位于上下游引物之间（如图1）。

divergent primers可以通过网站直接进行设计。理论上对于circRNA而言，divergent引物可以利用cDNA扩增出条带，而利用gDNA扩增不出条带；对作为control的线性RNA而言，cDNA和gDNA都可以扩增出条带。

primer6.0设计引物-如何应用primerprimer6.0设计引物

打开NCBI上-BLAST-primer-blast网站，将上面复制引物设计软件的mRNA编号输入序列框中，下拉选项中选择引物设计软件你的物种，然后在Exonjunctionspan下拉框选择Primermustspananexon-exonjunction，设置引物长度最小和最大值，然后点击Getprimer。

引物的话还是尽量得分上85吧引物设计软件我觉得，不行的话就往目的片段两端走走。这么长的片段建议楼主选择强效高保真的酶，比如KOD plus，这是引物设计软件我们这里用过的最好的酶。不过价钱也是偏高的。

②点击Primer进入引物设计界面。③点击引物设计界面上的search按钮进行搜索选项设定。④点击搜索选项界面上的OK按钮可得到引物设计结果。⑤选择分值高的引物对作为实验合成引物选项。⑥根据需要对引物进行编辑。

首先，为你的miRNA 3-端最后6个碱基写一段完全互补的序列，然后接在一段固定的茎环结构模板序列上，就完成引物设计软件了。